Удаленные последовательности генома коронавируса вызывают научную интригу

Частичные последовательности SARS-CoV-2 от ранних вспышек в Ухане были удалены из базы данных правительства США учеными, которые их депонировали, сообщает scientificamerican.

Усилия по изучению ранних стадий пандемии коронавируса получили помощь из неожиданного источника.

Биолог из США «раскопал» частичные последовательности генома SARS-CoV-2 с начала вероятного эпицентра пандемии в Ухане (Китай), которые были депонированы – но позже удалены – из базы данных правительства США.

Частичные последовательности генома решают эволюционную загадку о раннем генетическом разнообразии коронавируса SARS-CoV-2, хотя ученые подчеркивают, что они не проливают свет на его происхождение.

Также не совсем понятно, почему исследователи из Уханьского университета попросили удалить последовательности из архива считывания последовательностей (SRA), хранилища необработанных данных секвенирования, поддерживаемого Национальным центром биотехнологической информации (NCBI), входящим в состав Национальных институтов США. здоровья (NIH).

«Эти последовательности информативны, они не трансформативны»,

– говорит Джесси Блум, вирусный эволюционный генетик из Онкологического исследовательского центра Фреда Хатчинсона в Сиэтле, штат Вашингтон, который описывает в препринте от 22 июня, как он восстановил последовательности.

Блум обнаружил последовательности после поиска геномных данных на ранних стадиях пандемии.

В исследовательском документе от мая 2020 года содержалась таблица общедоступных данных о последовательностях, в которую входили записи, с которыми Блум не сталкивался.

Последовательности были связаны с работой, в которой исследователи использовали технологию секвенирования нанопор для обнаружения генетического материала SARS-CoV-2 в образцах, взятых у людей.

Это исследование было опубликовано в журнале Small в июне 2020 года, а в марте того же года размещено на bioRxiv.

Когда Блум искал последовательности в SRA, используя детали, перечисленные в документе за май 2020 года, база данных не вернула никаких записей.

SRA хранит последовательности в облачном хранилище, поддерживаемом Google, и Блум интересовался, сможет ли он найти архивные версии последовательностей на облачных серверах.

Этот подход сработал, и Блум смог восстановить данные из 50 образцов, 13 из которых содержали достаточно необработанных данных для генерации частичных последовательностей генома.

ЭВОЛЮЦИОННАЯ ТАЙНА

По словам Блум, последовательности помогают разгадать эволюционную загадку ранних стадий пандемии.

Самые ранние вирусные последовательности из Ухани получены от людей, связанных с городским рынком морепродуктов Хуанань в декабре 2019 года, где первоначально считалось, что коронавирус впервые перешел от животных к людям.

Но последовательности на рынке морепродуктов более отдаленно связаны с ближайшими родственниками SARS-CoV-2 у летучих мышей – наиболее вероятным исходным источником вируса – чем более поздние последовательности, в том числе обнаруженные в Соединенных Штатах.

Это было удивительно, говорит Блум, потому что можно было ожидать, что вирусы с ранних стадий эпидемии в Ухане будут наиболее тесно связаны с родственниками SARS-CoV-2, которые заражают летучих мышей.

Восстановленные последовательности, которые, вероятно, были собраны в январе и феврале 2020 года, показывают, что это так – они более тесно связаны с вирусами летучих мышей, чем последовательности от людей, связанных с рынком морепродуктов.

Это добавляет к растущему количеству доказательств, включая сообщения о вероятных случаях, датируемых ноябрем 2019 года, о том, что первые случаи заболевания людей COVID-19 не были связаны с рынком морепродуктов Хуанань, говорит Блум и другие ученые.

«Мне показалось, что рынок в Ухане был одним из первых сверхраспространяющих событий,

– говорит Судхир Кумар, эволюционный генетик из Университета Темпл в Филадельфии, штат Пенсильвания.

Он добавляет, что последовательности, обнаруженные Блумом, предполагают, что SARS-CoV-2 развил обширное разнообразие на ранних стадиях пандемии в Китае, в том числе в Ухане.

Стивен Голдштейн, вирусолог из Университета штата Юта в Солт-Лейк-Сити, отмечает, что последовательности, извлеченные Блумом, не были скрыты: они описаны подробно, с достаточной информацией о последовательностях, чтобы знать их эволюционное отношение к другим ранним последовательностям SARS-CoV-2. , в Маленькой газете.

«Я не думаю, что этот препринт говорит нам много нового, но он действительно выводит на первый план данные о последовательностях, которые были общедоступными, хотя и незаметными»,

– говорит Гольдштейн.

Блум говорит, что, хотя последовательности были опубликованы, их удаление из SRA означало, что немногие ученые знали о них.

Отчет о происхождении пандемии, подготовленный по заказу Всемирной организации здравоохранения, не включал последовательности в эволюционный анализ ранних данных SARS-CoV-2.

«Никто не заметил, что они существуют»,

– говорит Блум.

Соответствующие авторы небольшой статьи не ответили на вопросы группы новостей Nature о том, почему они попросили удалить последовательности из SRA, что произошло до публикации статьи.

В заявлении, NIH сказал, что удалил данные по просьбе исследователей, которые говорят, что они планируют представить их в другую базу данных.

Блум, который является соавтором письма с призывом к возобновлению расследования причин пандемии, включая возможность того, что вирус ускользнул или просочился из лаборатории, говорит, что его исследование не проливает света ни на происхождение пандемии, ни на то, почему последовательности были удалены.

Но он надеется, что его усилия побудят исследователей «мыслить нестандартно» и обращаться к другим источникам, таким как архивные данные, чтобы собрать больше информации о первых днях пандемии.

«Вероятно, есть больше данных»,

– говорит он.